高效毛細管電泳儀(HPCE)是以毛細管為分離通道，以高壓直流電場為驅動力，利用荷電粒子之間的淌度差異和分配系數(shù)差異進行分離，是分析科學繼高效液相色譜儀之后的又一重大進展，使分析科學從微升級進入到了納升級水平，不僅使單細胞乃至單分子分析成為可能，也使蛋白質和核酸等生物大分子分析有了新的轉機。HPCE與高效液相色譜儀比較如下：

　　一、相同點：

　　1、檢測器：

　　HPCE和高效液相色譜儀均可采用紫外檢測器、熒光檢測器和電化學檢測器等。但由于HPCE采用在柱檢測，光路短，靈敏度和線性范圍都不如高效液相色譜儀。

　　2、定性和定量方法：

　　HPCE的定性和定量方法與高效液相色譜儀相同，采用出峰時間定性，峰面積或峰高定量。

　　3、柱效和分辨率：

　　HPCE的柱效和分辨率計算方法與高效液相色譜儀相同。

　　二、不同點：

　　1、分離原理：

　　(1)HPCE：基于組分在載體電解質中遷移速度的不同。

　　(2)高效液相色譜儀：基于組分在固定相和流動相之間分配系數(shù)的不同。

　　2、分離模式：

　　(1)HPCE：毛細管區(qū)帶電泳、毛細管膠束電動色譜、毛細管凝膠電泳、毛細管等電聚焦電泳和毛細管等速電泳等。

　　(2)高效液相色譜儀：正相色譜、反相色譜、離子交換色譜和凝膠色譜等。

　　3、分離柱：

　　(1)HPCE：小內徑毛細管柱內裝不同載體電解質。

　　(2)高效液相色譜儀：小內徑毛細管柱內裝不同固定相。

　　4、進樣方式：

　　(1)HPCE：電動進樣、壓力進樣和擴散進樣。

　　(2)高效液相色譜儀：微量注射器進樣、六通閥進樣和自動進樣器進樣。

　　5、進樣體積：

　　(1)HPCE：納升級。

　　(2)高效液相色譜儀：微升級。

　　6、溶質驅動方式：

　　(1)HPCE：以高壓直流電場為驅動力。

　　(2)高效液相色譜儀：以高壓輸液泵驅動流動相。

　　7、采用毛細管的目的：

　　(1)HPCE：有效散熱，使徑向溫度梯度更小。

　　(2)高效液相色譜儀：消除渦流擴散，縮短組分在流動相中的傳質過程。

　　8、柱效：

　　(1)HPCE：72萬TP/m，大分子更大，尤其生物大分子可達3000萬TP/m，能檢測到單細胞和單分子水平。

　　(2)高效液相色譜儀：一般為25TP/m，大分子更小。

　　9、柱價：

　　(1)HPCE：柱價低，

　　(2)高效液相色譜儀：柱價高，且易沾污，易失效。

　　10、分離液：

　　(1)HPCE：在水溶液介質中進行，不污染環(huán)境。

　　(2)高效液相色譜儀：常在含有機溶劑(如甲醇等)介質中進行，易造成環(huán)境污染。